Główna ekspozycja – Mikołaj Kopernik mieszkaniec zamku olsztyńskiego
Mikołaj Kopernik na zamku pełnił funkcję administratora dóbr warmińskiej kapituły katedralnej. Przebywał tu w latach 1516 – 1521. W Olsztynie napisał tekst pierwszej księgi, która „wstrzymała Słońce”. Jedyną zachowaną książką z biblioteki astronoma jest tzw. inkunabuł medyczny (XV w.), pierwsze kompendium ówczesnej wiedzy medycznej.Cennym zabytkiem jest tablica astronomiczna wykonana przez Kopernika na krużganku zamku. Służyła ona do wyznaczenia równonocy wiosennej, w ten sposób można było wyznaczyć ruchome święta kościelne i prowadzić badania nad kalendarzem.
W muzeum możemy obejrzeć interesujące malarstwo portretowe, sztukę sakralną, zbiory archeologiczne i etnograficzne, dokumenty życia politycznego oraz wystawę czasową: Luterańskie epitafia.